Sebagai sekolah di bawah Persyarikatan Muhammadiyah, SMAMSA Bandung menghadirkan sejumlah organisasi otonom (ortom) sebagai wadah pembinaan karakter dan kepemimpinan siswa, di antaranya:
Gerakan Kepanduan Hizbul Wathan (HW) adalah salah satu organisasi otonom di lingkungan Persyarikatan Muhammadiyah, didirikan pertama kali di Yogyakarta pada tahun 1918 atas prakarsa KH Ahmad Dahlan, pendiri Muhammadiyah. Di SMAMSA, HW menjadi wadah pembinaan kedisiplinan, kemandirian, dan jiwa kepemimpinan siswa melalui kegiatan kepanduan.